มหาวิทยาลัยกำหนดนโยบายและแนวปฏิบัติด้านการจัดการคุณภาพน้ำก่อนปล่อยสู่สิ่งแวดล้อมอย่างเป็นระบบและได้มาตรฐาน เพื่อป้องกันผลกระทบต่อระบบนิเวศ สัตว์ป่า และสุขภาพและสวัสดิภาพของมนุษย์ โดยมีการควบคุมน้ำเสียจากแหล่งกำเนิดหลักในมหาวิทยาลัย โดยติดตั้งถังดักไขมันและน้ำมันเพื่อแยกสิ่งปนเปื้อนก่อนเข้าสู่ระบบบำบัด มีการจัดการน้ำเสียจากอาคารเรียนและอาคารทั่วไปด้วยระบบบำบัดแบบติดกับที่ (บ่อเกรอะ) จากนั้นผ่านบ่อผึ่ง (Oxidation Pond) หลังอาคารคณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี มีการตรวจคุณภาพน้ำก่อนปล่อยสู่แหล่งน้ำตามธรรมชาติ ตามมาตรฐานของประเทศและประกาศของมหาวิทยาลัย และติดตามผลเพื่อทบทวนปรับปรุงระบบอย่างต่อเนื่อง [ระบุผลการตรวจคุณภาพน้ำรอบ ม.ค.–ธ.ค. 2568] น้ำที่ผ่านการบำบัดนำกลับมาใช้ใหม่ได้ด้านภูมิทัศน์ เช่น รดต้นไม้ในช่วงฤดูแล้ง นอกจากนี้ ห้องปฏิบัติการภายในมหาวิทยาลัย เช่น โดยศูนย์วิจัยและพัฒนานวัตกรรมสินค้าเกษตรและอาหารภาคตะวันออก มีการจัดการของเสียตามคู่มือบริหารระบบจัดการความปลอดภัย ระบบจัดการของเสีย สอดคล้องกับโครงการ ESPReL (เลขทะเบียน 2-0340-0008-1) จำแนกประเภทของเสีย ติดฉลาก เก็บแยกอย่างปลอดภัย บำบัดเบื้องต้นก่อนทิ้ง และส่งกำจัดโดยบริษัทที่ได้รับใบอนุญาต เพื่อป้องกันการปนเปื้อนสู่ระบบระบายน้ำและสิ่งแวดล้อม แนวปฏิบัติที่ดีนี้มหาวิทยาลัยได้มีการจัดสอนวิชารหัส 4104602 จุลชีววิทยาของการบำบัดน้ำเสีย ซึ่งมีกิจกรรมฝึกปฏิบัติการบำบัดน้ำเสียปนเปื้อนไขมัน การตรวจวัดค่าพารามิเตอร์ และการศึกษาดูงานระบบบำบัดจริง เพื่อพัฒนาทักษะด้านสิ่งแวดล้อมแก่นักศึกษา