มหาวิทยาลัยร่วมมือกับภาคเอกชนและหน่วยงานภาครัฐในการอนุรักษ์และฟื้นฟูระบบนิเวศทางน้ำและความหลากหลายทางชีวภาพ โดยร่วมกับบริษัทเอจีซี วีนิไทยและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องดำเนินโครงการพัฒนาเครือข่ายฟื้นฟูปะการังและสร้างแหล่งเรียนรู้ การสำรวจและเฝ้าระวังแนวปะการัง การผลักดันพื้นที่และมาตรการคุ้มครอง (Marine Protected Area, MPA)ของเกาะหมาก จังหวัดตราด เพื่ออนุรักษ์และฟื้นฟูปะการัง รวมถึงการสำรวจความหลากหลายของปลาทะเลและคุณภาพน้ำในภาคตะวันออก นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยยังสนับสนุนงานวิจัยด้านสิ่งแวดล้อม เช่น การศึกษาการเปลี่ยนแปลงที่ส่งผลต่อการกระจายตัวของหญ้าทะเลบริเวณชายหาดทุ่งคา จังหวัดระยอง การใช้ดีเอ็นเอบาร์โค้ดจำแนกชนิดปูน้ำเค็มในอ่าวคุ้งกระเบน และการศึกษาผลกระทบจากการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศต่อความหลากหลายทางชีวภาพของพื้นที่ชุ่มน้ำชายฝั่ง ตลอดจนการประเมินการชะล้างหน้าดินด้วยระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ รวมทั้งการตรวจสอบสุขภาพแหล่งน้ำผ่านงานวิจัยเรื่อง“Relationship of eutrophication, phytoplankton and water quality: some generalities in Chanthaburi River, Thailand” และเฝ้าระหวังความหลากลายของพืชน้ำ ขณะเดียวกันมหาวิทยาลัยยังร่วมกับบริษัท ปตท.สำรวจและผลิตปิโตรเลียม จำกัด (มหาชน) ดำเนินโครงการ “การอนุรักษ์ทะเลเพื่อชีวิต”ในพื้นที่จังหวัดจันทบุรี และพัฒนาระบบเพาะฟักสัตว์น้ำเศรษฐกิจพร้อมสื่อการเรียนรู้ ณ กลุ่มพังสาย จังหวัดสงขลา รวมถึงขยายผล ”ธนาคารปูม้า” สู่การปลูกป่าชายเลนและหญ้าทะเล เพื่อเสริมสร้างความร่วมมือในการอนุรักษ์