มหาวิทยาลัยดำเนินงานเฝ้าระวัง ติดตาม และตรวจสอบสุขภาวะของระบบนิเวศทางน้ำอย่างต่อเนื่อง ผ่านการสำรวจแนวปะการัง ความหลากหลายของปลาทะเล และคุณภาพน้ำทะเล เพื่อสนับสนุนการอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากร ควบคู่กับการสนับสนุนงานวิจัย ได้แก่ การศึกษาการเปลี่ยนแปลงสิ่งแวดล้อมและวิถีชุมชนบนเกาะแสมสาร จังหวัดชลบุรี การศึกษาบทบาทของปะการังในการกักเก็บคาร์บอนและความหลากหลายของทรัพยากรบริเวณเกาะหมาก จังหวัดตราด รวมถึงปัจจัยสิ่งแวดล้อมที่ส่งผลต่อการกระจายตัวของหญ้าทะเล จังหวัดระยอง นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างภาวะสารอาหารเกิน แพลงก์ตอนพืช และคุณภาพน้ำในแม่น้ำจันทบุรี การเฝ้าระวังความหลากหลายของพืชน้ำ ผลกระทบของปรากฏการณ์เอลนีโญและลานีญาต่อการฟื้นฟูปะการัง การใช้ดีเอ็นเอบาร์โค้ดจำแนกชนิดปูน้ำเค็ม ตลอดจนการประเมินผลกระทบจากการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศต่อความหลากหลายทางชีวภาพของพื้นที่ชุ่มน้ำ และการชะล้างหน้าดินด้วยระบบสารสนเทศภูมิศาสตร์ อีกทั้งยังร่วมมือกับบริษัท ปตท.สำรวจและผลิตปิโตรเลียม จำกัด (มหาชน) ในโครงการ “การอนุรักษ์ทะเลเพื่อชีวิต (Ocean for Life)” กิจกรรม Ocean Health & Biodiversity Monitoring เพื่อส่งเสริมการติดตามสุขภาพระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพทางทะเล อันเป็นข้อมูลสำคัญต่อการวางแผนอนุรักษ์และฟื้นฟูทรัพยากรทางน้ำอย่างยั่งยืน