มหาวิทยาลัยมีนโยบายและมีการนำกลยุทธ์การจัดการลุ่มน้ำไปปฏิบัติใช้ โดยขึ้นอยู่กับความหลากหลายของชนิดพันธุ์สัตว์น้ำเฉพาะของแหล่งที่ตั้ง โดยมีแผนการนำไปใช้ตั้งแต่ระดับการเรียนการสอนตลอดจนแผนการบริการวิชาการและการวิจัยของมหาวิทยาลัยที่ส่งเสริมการจัดการระบบนิเวศแหล่งน้ำ และความหลากหลายของชนิดพันธุ์ทุกระบบนิเวศแหล่งน้ำ เช่น แผนแม่บท อพ.สธ.ระยะที่ห้า (ปีที่เจ็ด) ที่ได้มีการนำกลยุทธ์ในการจัดการลุ่มน้ำมาใช้ในการวางแผนเฝ้าระวังผลกระทบที่เกิดขึ้นจากการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศ การเฝ้าสังเกต ติดตาม ตรวจสอบ สุขภาวะของระบบนิเวศทางน้ำ เช่น การสำรวจและเฝ้าระวังแนวปะการัง การสำรวจความหลากชนิดของปลาทะเลและคุณภาพของน้ำทะเล รวมทั้งสนับสนุนการผลิตงานวิจัยเพื่อการเฝ้าสังเกต ติดตาม ตรวจสอบสุขภาวะของระบบนิเวศทางน้ำโครงการพัฒนาเครือข่ายฟื้นฟูปะการังและสร้างแหล่งเรียนรู้ นอกจากนี้มหาวิทยาลัยยังได้มีการลงนามความร่วมมือกับมหาวิทยาลัยอาเซียน จำนวน 26 แห่ง (the Mekong Wetland University Network) ในการร่วมมือกันศึกษา วางแผนวิจัย อนุรักษ์พื้นที่ชุ่มน้ำของประเทศอาเซียน โดยเฉพาะในด้านการจัดการพื้นที่ลุ่มน้ำโขง ได้แก่ การอนุรักษ์ดิน น้ำ ความหลากหลายทางชีวภาพ การเฝ้าระวังติดตามพืช สัตว์ต่างถิ่น และการศึกษาสภาพสังคม วิถีชีวิตของชุมชนในพื้นที่ลุ่มน้ำ