มหาวิทยาลัยมีนโยบายและแผนแม่บท อพสธ. ระยะ 5 ปีที่เจ็ด (1 ตุลาคม พ.ศ.2564 - 30 กันยายน พ.ศ.2569) มีการจัดจำแนก ติดตาม และป้องกันสิ่งมีชีวิตในบัญชีแดงของ IUCN และอนุรักษ์รายการสิ่งมีชีวิตระดับชาติ โดยการติดตามชนิดนกที่อาศัยในพื้นที่ของมหาวิทยาลัย จำแนกเป็นนกประจำถิ่น 54 ชนิด และนกอพยพ 22 ชนิด พบสถานภาพความเสี่ยงต่ำ (Least Concern) รวมทั้งมีการติดตามพฤติกรรมสัตว์เลื้อยคลานใกล้แหล่งน้ำ ได้เเก่ เต่าหับ (Cuora amboinensis) มีสถานภาพใกล้สูญพันธุ์อย่างยิ่ง (Critically Endangered) สำหรับลั้ง (Physignathus cocincinus) มีพฤติกรรมวางไข่บนบกที่มีพื้นเป็นทราย จึงได้มีการอนุรักษ์พื้นที่สำหรับวางไข่เอาไว้ ลั้งถูกจัดอยู่ในสถานภาพมีแนวโน้มใกล้สูญพันธุ์ (Vulnerable) นอกจากนี้ยังพบว่านก เต่าหับ และลั้ง เป็นสัตว์ป่าคุ้มครองตามพระราชบัญญัติสงวนและคุ้มครองสัตว์ป่า พ.ศ. 2535 อีกทั้งมหาวิทยาลัยยังมีห้องปฏิบัติการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อพืช ทำการขยายพันธุ์กล้วยไม้ในสภาพปลอดเชื้อ เช่น กล้วยไม้เหลืองจันทบูร (D. friedericksianum) อยู่ในสถานภาพมีแนวโน้มใกล้สูญพันธุ์ (Vulnerable) นอกจากนี้ มหาวิทยาลัยได้มีการศึกษาเนตรม่วง Microchirita purpurea ซึ่งจัดเป็นพืชเฉพาะถิ่นพบในจังหวัดจันทบุรี IUCN status จัดอยู่ในสถานภาพ Endangered โดยในปี 2568 ซึ่งมีการดำเนินการศึกษาวิจัยในโครงการการขยายพันธุ์และการเก็บรักษาพันธุกรรมเนตรม่วงในสภาพปลอดเชื้อด้วยเทคนิคชะลอการเจริญเติบโต เพื่อเก็บรักษาพันธุกรรมไว้ในมหาวิทยาลัย